ChangeSIPにGUIが付いていないのがあまりに惜しいので、自分で作ってみました。起動時に入力パネルを選択するプログラムです。
リストの中から入力パネルを選んでOKを押すと、自動的にスタートアップへショートカットを作成します。

また、キーボード配列の情報を調べていて知ったのですが、Windows Mobile 5は、登場当初から入力パネルの認識に難があることが知られており、それを回避するために、起動時に入力パネルをロードするユーティリティが開発されたということでした。入力パネルの選択だけだとあまりに芸がないので指定した複数の入力パネルを起動時にメモリーにロードする、いまさら感たっぷりの機能もつけてみました。
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JISかな入力パネルを標準パネルに設定するとトんだり、W-ZERO3[es]で認識が難しかったりするのに負い目を感じていたので。これでソリューションを提供できました。しかしGUIって面倒。ChangeSIPは、おそらく30行ぐらいのプログラムだと思いますが、こちらはオーバー1000行。。。